Edificata tra il 1298 e il 1317, venne largamente modificata prima nel sec. XVI e poi verso il 1758. Forse la intitolazione a S. Giovanni Battista, piuttosto che a S. Domenico, come c’era da attendersi e come oggi viene comunemente identificata, trattandosi di un’opera domenicana, mise d’accordo un po’ tutti per quel tanto che di messianesimo e di rinnovamento delle coscienze il santo evoca già solo con il suo nome. Del periodo più antico resta solo la parte inferiore della facciata. Questa presenta un accentuato dicromismo dall’alternarsi di ricorsi di pietre chiare con il rosso del laterizio. Il portale presenta lo schema architettonico di Rainaldo nella Basilica della Cattedrale del 1305. Qui il gusto è ancora romanticheggiante, con maggiore indulgenza verso la decorazione. Alla base dell’archivolto due testine mitrate: il vescovo Bernardo ed il suo successore. In alto c’è ancora l’Agnello crucigero con due leonesse affrontate. A sinistra portale ogivale in pietra per l’ingresso al Convento, a destra in alto una monofora trecentesca. Ha una sola grande navata e presenta otto cappelle laterali con altari di stucco. Da notare in una cappella pregevoli affreschi del Trecento. A destra del presbiteriola Cappella del Rosario o Coro con Stalli, grande altare ligneo del 1629 con tela coeva. Dietro l’altare centrale tre grosse tele di buona fattura di Giuseppe Prepositi del 1789. Nel soffitto vasto affresco raffigurante il “Trionfo di S. Domenico”, eseguito nel 1724 opera di Giov. Battista Savelli, pittore iscritto alla Congregazione degli Artisti dei gesuiti di Atri sin dal 1703. La volta attuale sostituisce il planfond ligneo settecentesco e rappresenta l’espansione dell’Ordine di S. Domenico nei quattro continenti. È Basato sullo schema dell’affresco eseguito dal gesuita laico Andrea Pozzo, nella chiesa di S. Ignazio in Roma (1694).
L’Organo
Nel 1597, il Priore del Convento di S. Giovanni Battista in Atri, dell’ordine dei Padri predicatori, Frate Lattanzio Pacifico, stipulò un contratto con l’organaro Detio Villa della città di Bisaccia, per la costruzione di un organo, da collocarsi nella predetta chiesa, come risulta dall’atto stipulato per mano del notaro Astolfi Berardino di Atri. L’organo doveva essere collocato entro l’agosto del 1598. Per oltre un secolo, di questo strumento, le cronache tacciono. Non esistono altri documenti che comprovano l’avvenuta realizzazione dell’opera. Ma l’organo fu effettivamente realizzato e quello attuale lo sostituì effettivamente. Da alcuni Verbali di Confraternita si evince che agli inizi del 1700, l’organo esisteva. Fu deliberato la sostituzione dello stesso, dal momento che le vecchie canne dovevano contribuire al nuovo, mentre i Priori della Compagnia avrebbero supplito la maggior spesa. Il contratto per il nuovo organo fu stipulato, presumibilmente entro il Gennaio del 1715 poiché al momento dello smantellamento di quello esistente, bisognava versare a caparra cinquanta ducati. Nel maggio 1716 il nuovo organo era ultimato. L’organo della chiesa di S. Giovanni Battista di Atri riveste un interesse organologico tutto particolare. Si tratta infatti di uno dei rarissimi strumenti italiani antichi che dispone di un registro ad ancia collocato in facciata, orizzontalmente come nella consolidata tradizione iberica. Le intuibili influenze culturali spagnole dipendenti dalla collocazione politica del Regno di Napoli non hanno ancora trovato una sistemazione storiografica nell’arte di costruire gli organi nell’Italia Centromeridionale.
La Porta
Adiacente al lato sinistro della chiesa vi è l’omonima porta. Si tratta di un’opera di carattere strategico-militare, eseguita per fortificare la città al tempo della guerra franco-spagnola (prima metà del 1500). Sostituì la precedente porta, risalente all’età medioevale, di cui si intravedono dei resti nel basamento e nella lapide in alto, raffigurante degli scudi triangolari.